I prezes Sądu Najwyższego Małgorzata Manowska zaskarżyła do Trybunału Konstytucyjnego rozporządzenie MEN z 26 lipca 2024 r. ws. warunków organizowania lekcji religii oraz zawnioskowała o zawieszenie stosowania zaskarżonych przepisów. Zarzuciła rozporządzeniu m.in. naruszenie zasady „konsensualnego sposobu regulowania relacji między państwem a Kościołami” oraz uniemożliwienie „nauczania religii w sposób określony programem nauczania tego przedmiotu” w związku ze stworzeniem podstaw do organizowania nauki religii w grupach międzyoddziałowych lub międzyklasowych.
To Konferencja Episkopatu Polski oraz kościoły zrzeszone w Polskiej Radzie Ekumenicznej skierowały do Sądu Najwyższego z petycje o wystąpienie do Trybunału Konstytucyjnego z wnioskiem o zbadanie rozporządzenia minister edukacji narodowej. W petycji wskazują m.in. iż art. 12 ust. 2 ustawy o systemie oświaty wymaga od adekwatnego ministra, aby wydając rozporządzenie określające warunki i sposób organizowania nauki religii, działał „w porozumieniu z władzami Kościoła Katolickiego i Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego oraz innych Kościołów i związków wyznaniowych”. Natomiast przy wydaniu rozporządzenia przez ministra edukacji ograniczono się do umożliwienia przedstawicielom zainteresowanych Kościołów i innych związków wyrażenia jedynie opinii.
